巴南区前身巴县是全国建县最早的地区之一，迄今已有2300多年历史，素与郡、州、府、路同城而治，并为附廓大县，有重庆母县之称。周赧王元年（公元前314年）秦置江州县，为建县之始。北周保定元年（561年）废垫江、枳二县, 以其地置巴县，为巴县得名之始。民国以前，今重庆市主城区等均为巴县辖地，渝中区即为巴县县城故地。1929年2月，重庆正式建市。1932年冬，正式勘划市区界，巴县县城全部及两路口、姚公场、南城坪、海棠溪、弹子石等场镇划入市区。1939年, 国民政府令巴县政府迁到市外办公，先后辗转于人和场（今九龙坡区华岩镇）、李家沱马王坪、南泉等地。1954年1月巴县人民政府迁驻鱼洞。

中华人民共和国成立初期，巴县隶属关系及辖地时有调整。1958年后隶属四川省重庆市管辖。1975年后，巴县边界基本稳定，辖区总面积2550平方千米。1994年12月，国务院批准重庆市行政区划调整，撤销巴县建立巴南区，划出原巴县所辖长江以北的22个乡镇，划入原九龙坡区所辖长江以南的李家沱、土桥2个街道，南泉、花溪2个镇（除二塘村外），巴南区辖区面积1824.6平方千米，较巴县减少725.4平方千米。1997年6月重庆市直辖后，巴南区不再隶属于四川省，属重庆市直接管辖，巴南区逐渐转型成为重庆市主城区之一。2009年，区人民政府驻地由鱼洞街道迁至新成立的龙洲湾街道，龙洲湾新区渐次崛起成为巴南区新的政治、经济、文化中心。根据经济社会发展需要，2001年、2009年两次对乡镇、街道行政区划进行较大规模调整，对行政村进行大规模合并调整，新建街道、社区，后又有零星调整，截至2025年，巴南区辖龙洲湾、鱼洞、莲花、李家沱、花溪、南泉、南彭、惠民、一品等9个街道，界石、木洞、双河口、麻柳嘴、丰盛、二圣、东温泉、姜家、天星寺、接龙、石滩、石龙、圣灯山、安澜等14个镇。