巴南区属四川盆地亚热带湿润气候区中的四川盆地东南部长江河谷区，年内降水量多，径流量较大，全区多年平均降水1081.7毫米，水资源十分丰富。长江贯穿境内北部边境长达60千米，加之境内有大小溪河100多条，流域面积1702.24平方千米，占辖区面积的93.30%。多年平均地表水径流量9.58亿立方米，地下水补给量1.17亿立方米、长江（寸滩水文站断面）过境水量3448亿立方米。区内各种水利工程5225处，总蓄水量1.38亿立方米，有效灌溉面积2017平方千米，农业生产有可靠的水资源保证。